Ambientato nella vasta comunità giapponese di San Paolo in Brasile, la più grande diaspora giapponese del mondo, YAKUZA PRINCESS segue Akemi (MASUMI), un'orfana che scopre di essere l'erede di metà del sindacato criminale Yakuza. Stringendo una difficile alleanza con uno sconosciuto svenuto (Jonathan Rhys Meyers) che crede che un'antica spada leghi i loro due destini, Akemi deve scatenare la guerra contro l'altra metà del sindacato che la vuole morta.
Akemi, l'erede maggiore della mafia Yakuza, è costretta ad allearsi con uno sconosciuto (Jonathan Rhys Meyers) quando si sveglia in ospedale senza ricordi, ma con una spada che appartiene a suo nonno. È convinto che questa katana si unisca alle loro strade e Akemi, per sopravvivere, dovrà scatenare la guerra contro l'altra metà della Yakuza, che brama l'oggetto e porre fine alla sua vita.
Un boss del crimine viene assassinato a sangue freddo e il suo unico erede viene mandato all'estero da bambino. Vent'anni dopo, bande rivali cercano di uccidere questa giovane donna che scopre di essere nata a capo di un'organizzazione criminale. Combattendo per la sua vita, si allea con un americano che cerca di scoprire il proprio passato...